De Republiek der Vrije Zuid-Molukken (RMS) werd gebouwd op de ruïnes van het Nederlandse koloniale imperium in Indonesië. De RMS heeft slechts enkele maanden bestaan. De meeste Molukkers in Nederland zijn nakomelingen van KNIL-militairen. De naoorlogse Molukse geschiedenis in jaartallen:

1945 De Indonesische nationalisten Soekarno en Hatta proclameren op 17 augustus de Republiek Indonesië, twee dagen na de Japanse capitulatie.

1946 Overeenkomst van Linggadjati waarbij Nederland het gezag van de Republiek Indonesië over Java en Sumatra erkent binnen een federale structuur van de 'Verenigde Staten van Indonesië'.

1947-1948 Politionele acties van Nederland, gericht tegen de Indonesische nationalisten.

1949 Nederland draagt de soevereiniteit over aan de Verenigde Staten van Indonesië (RIS). Die bestaat uit de Republiek Indonesië met daarnaast vijftien 'autonome' deelstaten.

1950 De Republiek Indonesië breidt haar gezag uit over de deelstaten. Nadat het parlement van de deelstaat Oost-Indonesië te kennen geeft aansluiting te willen bij de Republiek Indonesië, besluit een aantal Zuid-Molukse leiders (onder wie Chr. Soumokil, ir. J.A. Manusama en J.H. Manuhutu) tot onafhankelijkheid. Op 25 april volgt de Proclamatie van de Vrije Republiek der Zuid-Molukken.
Op 17 augustus herstelt Indonesië de eenheidsstaat en op 3 november openen Indonesische troepen de aanval op Ambon.

1951 Overkomst van 3.500 Molukse KNIL-militairen en hun gezinnen vanuit Java naar Nederland. Zowel de Molukkers als de Nederlandse overheid gaan uit van een 'tijdelijk' verblijf. Bij aankomst krijgen de KNIL'ers te horen dat ze uit militaire dienst zijn ontslagen. Die 'vernedering' leidt tot verbittering.

1953 Manusama vlucht vanuit Nieuw Guinea naar Nederland.

Jaren '50 Het accent in de Molukse gemeenschap verschuift van herstel van de 'militaire rechtspositie' naar realisering van het politieke ideaal van de RMS.

1966 Op 12 april wordt Soumokil, RMS-president die sinds 1963 in Indonesische gevangenschap verkeert, geëxecuteerd. De éénheidspartij Badan Persatuan erkent Manusama als opvolger in ballingschap.

1970 Zuid-Molukse jongeren bezetten de woning van de Indonesische ambassadeur in Wassenaar aan de vooravond van het bezoek van de Indonesische president Soeharto aan Nederland.

1975-1977 Jongeren kapen in 1975 een trein bij Wijster en bezetten het Indonesisch consulaat in Amsterdam.
Akkoord van Wassenaar tussen Nederland en Indonesië over onder meer vrijwillige repatriëring van Nederlandse Molukkers. In 1977 volgt weer een treinkaping (bij De Punt) en een schoolgijzeling in Bovensmilde.

1986 'Gezamenlijke Verklaring' van de Nederlandse regering en de Badan Persatuan. Afspraken over een jaarlijkse uitkering voor de 'eerste generatie', maatregelen op gebied van huisvesting en werkgelegenheid.

1993 Manusama draagt het leiderschap over aan de gepensioneerde arts F. Tutuhatunewa. Manusama overlijdt in 1996.