De organisatie van het IDFA heeft voor 1998 niet, zoals voorgaande jaren meestal wel, geprobeerd een thema te verzinnen voor haar programma. De elfde editie van het festival bestaat uit losse onderdelen onder de IDFA-paraplu.

Allereerst is daar de competitie voor recente documentairefilms, om de Joris Ivens Award. Ook is er een competitie voor videoproducties, met de Zilveren Wolf als hoofdprijs. De belangrijkste nieuwe Nederlandse documentaires getoond. Voor het eerst dit jaar heeft het IDFA plaats ingeruimd voor documentaires, speciaal voor kinderen (Kids Docs) - al bleek het niet makkelijk dergelijke producties te krijgen.

De eigenzinnige Britse filmmaker Nick Broomfield krijgt een retrospectief. Daarin worden achttien films vertoond, inclusief zijn meest recente, de omstreden Kurt and Courtney. De toptien van persoonlijke favorieten is dit jaar samengesteld door de Japanse filmer Kazuo Hara. Hij koos vooral minder bekende Japanse documentaires. Aansluitend op het IDFA, van 3 tot en met 6 december, organiseert filmtheater Cinemarienburg in Nijmegen een weekeinde met hoogtepunten van IDFA 1998. In de NRC-Handelsbladsalon van De Balie worden vraaggesprekken met (inter)nationale filmmakers gehouden. Deze discussies zijn gratis bij te wonen, elke dag vanaf 17.30 uur.

Het tv-programma Stardust blikt elke avond vooruit op de volgende dag in het IDFA-dagjournaal. Bovendien vertoont de VPRO elke avond een documentaire die eerder op het festival te zien is geweest.