De belangrijkste prijzen op het IDFA zijn de VPRO Joris Ivens Award, 25.000 gulden voor de beste documentaire en de NRC Handelsblad Publieksprijs à 10.000 gulden. Zesentwintig films dingen mee naar de Joris Ivens Award. Dit waren de winnaars van eerdere edities:

Joris Ivens Award
1988/Birthplace Unknown, Karin Jünger (Nederland)
Ktsjiner/Eilanden, Roeben Gevorkjanz (Sovjet-Unie) ex aequo
1989/Skersiela, Ivars Seleckis (Letland)
1990/Christo in Paris, David en Albert Maysles, Susan Froemke, Deborah Dickson (VS)
1991/Rêves et silences, Omar al-Qattan (België/Palestina)
1992/La memoria del agua, Hector Faver (Spanje)
1993/Belovy/The Belovs, Viktor Kossakovski (Rusland)
1994/Solo, de wet van de favela, Jos de Putter (Nederland)
1995/Délits flagrants, Raymond Depardon (Frankrijk)
1996/Atman, Pirjo Honkasalo (Finland)
1997/Auf der Kippe/Wasteland, Andrei Schwartz (Duitsland)
1998/Fotoamator, Dariusz Jablonski (Polen)

Publieksprijs
1988/Augstaka tiesa/Het laatste oordeel, Herz Frank (Letland)
1989/'´90 Niet officieel uitgereikt
1991/Djembéfola, Laurent Chevalier (Frankrijk)
1992/Black Harvest, Robin Anderson en Bob Connolly (Australië)
1993/Belovy/The Belovs, Viktor Kossokowski (Rusland)
1994/Habehira vehagoral/Choice and Destiny, Tsipi Reibenbach (Israel)
1995/Anne Frank Remembered, Jon Blair (Engeland)
1996/Blue eyed/Blauäugig, Bertram Verhaag (Duitsland)
1997/Vision Man, William Long (Zweden)
1998/Twee vaders, Ko van Reenen (Nederland)